Jednotka již od roku 1989 slouží dětem s maligním onemocněním krvetvorby (leukémie, lymfomy), vrozenými či získanými poruchami krvetvorby, imunity či metabolizmu a dětem se solidními tumory. Provádějí se zde transplantace kmenových buněk krvetvorby vlastní (autologní) či cizí (alogenní) od rodinných i nepříbuzenských dárců. Svým komplexním programem, technickým a odborným personálním zázemím, bohatými zkušenostmi získávanými během už více než 30 let a v rámci dlouhodobých zahraničních stáží našich lékařů na prestižních evropských a amerických pracovištích, plně a kompetentně zabezpečuje potřeby dětí z celé republiky. V rámci mnoha mezinárodních studií spolupracujeme s řadou klinických a laboratorních pracovišť především v Německu, Rakousku, Nizozemsku, Velké Británii, Francii, Itálii, Švýcarsku, Polsku, apod. Pracoviště je akreditováno ve spolupráci s registry dárců k transplantacím od dárců z evropských i amerických registrů. V roce 2019 navíc prošlo úspěšně akreditačním řízením v systému JACIE (evropská transplantační společnost EBMT) jako komplexní dětské transplantační centrum (spolu s nedávno vybudovaným Aferetickým centrem v rámci Oddělení krevní banky FNM). Od zahájení programu trvale narůstá především počet pacientů transplantovaných od nepříbuzenských dárců. Počet pacientů s autologní transplantací či transplantovaných štěpy od shodných sourozenců zůstává stabilizovaný. Během 30 let zde bylo provedeno více než 900 alogenních a více než 300 autologních transplantací.